Bei ESX ist es auf jeden Fall so (ich gehe davon aus, dass das bei Hyper-V auch so ist), dass die VMWare Tools die Zeit hart ändern (es springt z.B. von 12:34:05 auf 12:34:07) und das kann zu Problemen führen (gab es bei unserem Kunden auch schon mit einer Datenbankanwendung, war aber teilweise ein Problem der Anwendung). Mit dem Zeitservice von Windows wird die Zeit schneller und langsamer gemacht, so das diese irgendwann abgeglichen ist.
Daher würde ich unter Windows immer auf die Zeit Sync des Hypervisors verzichten.