Booten von der SAN ist nie der Hit, daher sollte man es eher vermeiden C: auf einer SAN liegen zu haben.
Zum Vergrößern von Volumes sollte man nur diskpart oder die Tools der jeweiligen SAN Hersteller nutzen.
Nun ja, jetzt ist es ja schon zu spät.
Vielleicht kannst Du mal mit fcinfo auf die SAN schauen, ist kürzlich von MS erschienen:
Download details: Fibre Channel Information Tool (fcinfo)
Allerdings muss der HBA die HBAAPI von SNIA unterstützen...