Hi,
die Frage ist, ob es - sofern ich das richtig lese - sinnvoll ist, so eine GPO auf Domain Ebene zu verlinken. Wo liegen denn deine Computer Objekte und wäre es hier evtl. besser, die VMs in eine eigene OU zu packen?
Bspw. eine OU "Meine Clients" und darunter dann eine OU "virtuelle Clients" und evtl. "Notebooks" sowie "Desktops" o.ä. Dann kannst du die Policies für alle deine Computer an "Meine Clients" linken und die restlichen GPOs dann halt an "virtuelle Clients", "Desktops", etc...
Gruß
Jan