Hi hike,
ich werde versuchen, Deine Fragen soweit es geht, zu beantworten:
zu 1.) An Deiner Stelle würde ich den komplett neuen Track zum MCSE Windows 2003 machen und nicht erst umständlich auf 2000 und dann auf 2003 upgraden (ist auch eine Kostenfrage, auch wenns der Arbeitgeber bezahlt ;) ). Es gibt zwar auf 2003 einige neue nette Features, aber selbstverständlich bist Du dann auch in der Lage, eine auf Windows 2000 basierende Umgebung zu verwalten bzw. zu administrieren.
zu 2.) GFN ist eines der Trainingszentren, die mir spontan zu Deiner Umgebung München einfallen:
http://www.gfn.de/training/standorte_mxx.html
zu 3.) Die Dauer der Ausbildungszeit von drei bis vier Monaten halte ich, meiner Meinung nach, nur dann für realistisch, wenn Du bereits genügend Erfahrung auf dieser Plattform besitzt -- wenn Du hingegen bei Null anfängst, kann das unter Umständen in einer Bauchlandung enden. ;)
HTH...