Ich gehe mal davon aus, das du das Update auch genehmigt hast. In meinem WSUS 3.0 wird der Windows Installer 3.1 nicht von einem anderen Update ersetzt, allerdings ist der noch in einer Testumgebung und ohne die Server 2003 Updates.
Auf jeden Fall solltest du prüfen, wie dein WSUS mit ersetzten und abgelaufenen Updates umgeht, sollte die Einstellung sein, das ersetzte Updates entfernt werden, wird es schon echt haarig.
Zusätzlich solltest du an dem entsprechenden XP-PC die WindowsUpdate.log überprüfen, ist meistens sehr aufschlussreich, wenn es um Fehler bei Updates geht.
Ich hoffe das es kein Fehler von Microsoft ist, und wenn doch hoffentlich wird der korrigiert und der Windows Installer 3.1 wieder als einzelnes Update zu Verfügung gestellt, denn der ist wichtige Voraussetzung für die Clients für die Kommunikation mit dem WSUS 3.0
Für mich habe ich schon überlegt, ob ich nicht 2 verschiedene WSUS Server einsetze, um die Clients und Server getrennt mit Updates zu versorgen, da man bei Servern i.d.R. eh anders mit den Updates umgeht (Wartungszeitfenster)