MySQL wird unabhängig vom IIS (Internet Information Server) [ich nehme an den meinst Du] installiert, so dass es zunächst grundsätzlich nichts zu beachten gibt. Um tatsächlich Nutzen aus der Kombination IIS - MySQL zu ziehen, ist es allerdings nötig über eine Schnittstelle des IIS (z. B. PHP, CGI, etc.) die MySQL-Datenbank anzusprechen.
Außerdem sind natürlich abhängig vom Einsatzzweck Sicherheitseinstellungen für IIS als auch für MySQL zu beachten.