Ich handhabe es immer so:
Auf Servern in die Freigabe und die NTFS Berechtigungen immer die Domänen-Benutzer eintragen. Besser ist, du legst im AD eine Gruppe und trägst diese Gruppe in die Freigabe und die NTFS Berechtigungen ein. Das hat den Vorteil, wenn später ein Mitarbeiter hinzukommt oder geht musst du nur noch Anpassungen im AD vornehmen, nicht mehr an den NTFS Berechtigungen.
An Clients verwende ich immer die lokalen Gruppen, darin sehe ich den Vorteil, sollte der Client mal aus der Domäne genommen werden haben z.B. neue, lokal angelegte Benutzer immer noch die gleichen Zugriffsrechte wie die Domänen-Benutzer.