Hmmm.... was war noch gleich ein Router ;)
Wenn Dein Hardware Router routed, dann lass den doch. Trage bei den Routern die Routen für die beiden Subnetze ein. Die Verwaltung der Standorte machst Du im Active Directory. So funktionierts dann, is aber keineswegs sicher. Du solltest auf jeden Fall einen Tunnel zwischen den beiden Routern einrichten.
Die zweite Netzwerkkarte brauchste net. Routing auf dem Windows Server macht ja nur sinn, wenn Du verschiedene Netze miteinander verbinden willst. Du hast ja nur ein Netz an jedem Standort.