Hallo!
Ich hab eine ähnliche Ausgangssituation wie Du (10 Niederlassungen per VPN mittels XDSL an Zentrale angebunden, Internet nur über Zentrale möglich, etc.). Eine Durchsatzmessung wird dir nur dann was bringen, wenn genau zu diesem Zeitpunkt/-raum die Leitung wegbricht. Was ich immer wieder mal starte ist das Programm Ping-Plotter (http://www.pingplotter.com). Hier sieht man über einen Zeitraum verteilt, wie lange die Pings brauchen bzw. ob sie überhaupt ankommen. Evt. von der Zentrale aus bzw. von den Standorten aus versuchen...
Was auch immer recht hilfreich und teilw. informativ ist, ist ein MRTG laufen zu lassen.
Hoffe damit etwas geholfen zu haben!