An dieser Stelle würde ich den betreffenden PC aus der Gruppe für Visio 2002 nehmen, dann würde die Software beim nächsten Neustart deinstalliert. Anschließend den PC in die Gruppe für Visio 2007 reinpacken und das Problem wäre gelöst. Doch dies alles funktioniert nur mit einer gewissen Struktur im AD und den entsprechenden Sicherheitsgruppen und GPOs.
Es existiert noch die Möglichkeit eine eigene MSI Datei zu erstellen, hierfür wird jedoch ein professionelles Tool benötigt. (Ordentliche Leistung, hoher Preis).
Werde mal versuchen in meiner Testumgebung das Problem nachzustellen, vielleicht fällt mir sonst noch etwas ein.