Ich habe das gleiche Problem bereits auf einer Workstation (XP Pro) gehabt. Dieses Problem tritt zB dann auf, wenn Windows bei der Installation mehr als eine primäre Partition erkennt und die erste von diesen dann löscht. Dann erscheint dort ein "unzugeordneter Bereich". Legt man in diesem Bereich jetzt keine neue Partition an, sondern sagt dem Setup, er solle Windows dorthin installieren, verschiebt Windows den die Bootpartition auf die nächstgelegene primäre Partition.
Ich habe mir damals eine Knoppix-CD geschnappt, und mit QTParted die Systempartition auf aktiv gesetzt.
Dann mit Hilfe der Win Wiederherstellungskonsole NTLDR, boot.ini, ntdetect.com kopiert und fixmbr und fixboot durchlaufen lassen.