Soweit ich verstanden habe ist der Weg folgender:
Die CND Anwendung druckt über einen Netzwerkdrucker eine Datei. Als Drucker verwendest Du auf dem Zielsystem einen PDF Druckertreiber. Dieser speichert die PDF Datei in ein lokales Verzeichnis auf dem Zielsystem und eine Archivierungssoftware scannt per OCR die PDF Datei.
Das Problem ist nun, dass die OCR Software den Text in der PDF Datei nicht sauber erkennt. Normalerweise kann eine OCR Software eine durchsuchbare PDF Datei ohne Probleme scannen. Es scheint mir also eher ein Problem der OCR Software zu sein.
Als Lösung suchst Du jetzt einen PDF Druckertreiber, welcher eine "Bild-PDF" Datei erstellt.
Ich gehe davon aus, dass die Archivsoftware auch Bilddateien mit OCR scannen kann. Deshalb kannst Du mal einen "Image" Druckertreiber wie zB. virtual-imageprinter oder https://www.print-driver.de/produktubersicht (enthält ebenfalls einen Druckertreiber) testen. Falls Du unbedingt eine PDF Datei benötigst kannst Du auf dem CNC System mit dem Image-Druckertreiber eine Bilddatei erstellen und dann z.B. mit einem Powershell Skript die Bilddatei über einen Netzwerk-PDF-Drucker ausgeben. Der "Virtual Imageprinter" kann über die Einstellungen nach dem Druck ein Skript ausführen.