Hallo,
über das Server Backup kannst du sowohl den Hyper-V Server selbst über den Systemstate als auch die VMs sichern. Allerdings empfehle ich dir ein Upgrade auf Hyper-V 2012, indem die VM Sicherung nun besser implementiert ist und die Child Partition vollständig über Snapshots weggesichert werden können. Für diese Funktionalität musst du unter Hyper-V 2008R2 Skripten. Wichtig ist weiterhin, dass als Sicherungsziel eine lokale Festplatte genutzt wird, sonst ist keine (bzw. nur über Drittanbieter) Diff. Sicherung der Child Partitions möglich. Du solltest aber generell prüfen ob die Anwendungen in deinen VMs Schattenkopie Sicherung unterstützen.
Gruß Phonix