Hallo Stephan,
dein Kollege hat im Prinzip schon recht. Man sollte schon für, wie du sagst, verschiedene "Sektionen" verschiedene Gruppenrichtlinien anwenden. Allein für die Übersicht ist dieses sinnvoller alles viele sachen in eine GPO zu stecken. Wenn etwas nicht funktionieren sollte, weist du sofort in welcher GPO du nachschauen musst. Man sollte das nur nicht zu klein fummeln, d.h. dass du später nicht 100 GPOs hat wo 20 gereicht hätten :D
Die Abarbeitung von mehreren GPOs wird sicherlich etwas langsamer, dies ist aber bis zu einem bestimmten Grad relativ unerheblich.
Gruß
dhenze