Dann würde ich behaupten das es deine Festplatte über den Jordan gegangen ist.
Irgendwelche Cluster oder Sektoren vernichtet sind und sich dort diverse Startdateien befunden haben.
Versuch mal deine Platte mit sowas wie DiskDoctor zu prüfen,
ich glaube Du hattest auch sowas erwähnt...
Wie alt ist den deine HDD???
Solltest Du die Kiste im Dauerbetrieb verwenden sind übrigens IDE Platten nicht so gut geeignet und diversen Hersteller geben auch keine Garantie wenn diese nachweislich im Dauerbetreib gelaufen sind.
Was auch sein kann, ist wenn Du einen Stromausfall hattest und er in diesem Moment Systemdateien zurückgeschrieben hat, das diese dabei zerstört wurden. Das ist aber glaube ich unwahrscheinlicher.
Sagt dir Bart´s PE-Builder was???
Damit kannst Du z.B. dein System von CD starten und versuchen deine Platte zu reparieren bzw. auch das System.