Da ich mal davon ausgehe. dass D: direkt hinter C: liegt, würde es hier schon reichen, nur D: zu löschen - dazu vorher natürlich deren Daten auslagern. Ansonsten kannst du dafür das kostenlose GParted nutzen.
Du kannst in jedem Fall die PowerShell ergänzend in die WinPE einbinden. Als Ersatz für den Explorer kannst du die meisten gängigen Tools wie z.B. den TotalCommander nutzen. Ansonsten ist die WinPE primär für Deployment-Aufgaben gedacht, um z.B. nach dem sysprep ein Image mit Hilfe von ImageX zu erzeugen.