Zur Harddisk
Hast du den Intensivtest mit Win durchgeführt? Wenn ja, nimm das Herstellertool. z.B Fitnesstest von IBM (bei einer IBM-Platte)
Sollte auch dort kein Fehler gefunden werden, könnte es mit der Garantie schwieriger werden. Aber ein Versuch lohnt sich trotzdem.
IRQ Problem
Hat dein Board/Bios die Möglichkeit einen IRQ fix ür einen PCI-Slot zu vergeben? Wenn ja, dann reservier dir einen für die SCSI-Karte
oder, wie a.jakob empfohlen hat, wechsle den PCI Slot.
Ansonsten bleibt dir immer noch die Möglichkeit ACPI auszuschalten und Win neu zu installieren. Das der PC nicht mehr ausgeschaltet wird, hat allenfalls damit etwas zu tun:
http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;de;197055