Schau mal unter http://www.sysinternals.com nach einem Tool, dass sich Portmon nennt. Da kannst schauen, ob und wann der COM Port initialisiert wird und ob darüber Daten laufen.
Ich benutze es immer zur Schnittstellen-Programmierung, um Geräte anzusteuern.
Du wirst jedoch 'Pech' haben, falls Dein 'Programm', das Du startest immer den COM-Port initalisiert. Dann ist dieser nämlich für andere Anwendung gesperrt.
Gruß Sven