So ich habe das Problem gelöst. Es ist viel einfacher als ich gedacht habe.
Ich habe im EMS mit "New-ExchangeCertificate" ein neues Zertifikat erstellt und IMAP, POP, SMTP Dienste zugewiesen.
IMAP und POP3 Dienste neugestartet und siehe da man kann wieder mit Thunderbird auf die Postfächer zugreifen. Allerdings mit der Warnung, dass das Zertifikat nicht vertrauenswürdig ist. Das kann mir aber egal sein, da nur intern verwendet wird.
