Es lag an den Berechtigungen.
Einige von den ältesten avhd-Dateien hatten Schreibschutz drauf, den habe ich entfernt. Dazu habe ich jeder avhd- und vhd-Datei die Berechtigung Jeder - Vollzugriff gegeben. Mit einem Neustart wurde die automatische Zusammenführung angestoßen und hat funktioniert.
Dass es das Anti-Virenprogramm war, ist möglich, aber ich denke es hat mit der Umstellung auf Windows Server 2012 bzw. der nicht fertig gestellten Zusammenführung vorher zu tun.
