Ich konnte das Problem mittlerweile selbst lösen. Das Problem ist, dass Mac OS X einen anderen UTF8-Standard nutzt als es Windows tut.
Genaueres kann man hier erfahren: http://www.macvillage.de/blog/2009/11/21/umlaute-ein-ewiges-problem/
Das Problem kann man dadurch lösen, dass man eine Linuxmaschine startet, die entsprechende Partition mountet und anschließend folgendes Skript über die Partition ablaufen lässt.
find . -name '*' -print0 | while IFS= read -r -d '' file; do
printf '%s\n' "$file";
convmv -f utf-8 -t utf-8 --nfc --notest "$file";
done
Es kann sein, dass man das Skript mehrmals ablaufen lassen muss, da nach der Konvertierung eines Ordnernamen nicht sofort innerhalb dieses Ordners mit der Konvertierung fortgefahren wird. Man sollte das Skript also entsprechend der Anzahl der Ordnerebenen durchlaufen lassen.
