Falls noch jemand mal vor diesem Problem steht:
Ich habe den ganzen Mist jetzt verworfen und Windows mit einer Unattend.xml Datei neu installiert. Hier kann man nämlich den Laufwerksbuchstaben mitgeben, das System läuft nun unter X:
Jetzt muss nur noch das alte Laufwerksmapping in Xenapp installiert werden damit die lokalen Clientlaufwerke mit Buchstaben durchgereicht werden und das war es dann.