Kurz ein Fazit meinerseits:
Ich habe AceBackup3.02.exe, backtozip_10.10.exe, backupmaker_6.408.exe, Cobian Backup 11.exe, Duplicati 1.3.2.msi und SyncoverySetupDE_6.05.exe getestet.
Die besten Produkte für meinen zweck, waren Duplucati und Syncrovery, wobei Syncrovery flexibler und einfacher zu bedienen ist. Die Ordnerstruktur kann übernommen werden. Ich habe mich für Syncrovery entschieden, da es noch weitere nette Features hat, wie z.B. das erkennen von verschobenen Dateien. Diese werden nicht neu kopiert.