So, konnte das Problem zwischenzeitlich lösen. Den Support hatte ich nicht eingeschaltet.
DCDiag war bei der Spurensuche im ganzen Goldwert
Auf beiden DCs wurden Sysvol und Netlogon nicht gemappt. Während auf dem WDC1 das Domainverzeichnis vorhanden war, wurde auf dem WDC2 mittlerweile ein Preexisting Domainverzeichnis angezeigt.
Diese konnte ich zunächst mit der 2. Lösung aus dem Artikel https://support.microsoft.com/en-us/kb/958804 lösen. Nach einem manuellen Neustart des NTFRS-Dienstes wurden die Verzeichnise wieder gemappt und das Netzwerk mit bisheriger Konfiguration (ohne Gateway) als Domainnetwork erkannt.
Auf dem WDC1 war nun noch die Löschung der ProfileList notwendig und nach einem Neustart wurde auch dort das Netzwerk wieder korrekt eingestuft.
Nun werde ich noch die Replikation prüfen und das ganze ins Backup einfügen.
