Nach nochmaligem deinstall und erneuten Install wurde genauso wie beim ersten Mal wieder Enterprise CA angezeigt und die Zertifikatsvorlagen waren dann anschliessend auch verfügbar. Somit konnte ich dann über MMC ein Zertifikat ausstellen.
Die Ausstellung über die Webeite funktioniert jedoch immer noch nicht. Dazu habe ich mit google gefunden, dass dies anscheinend ein Fehler des Install Assistenten im Server 2012 ist und wie man das "per Hand" bereinigen kann.
Also mit IIS Manager die "certserv" Seite aus windows/system32/cerserv importieren und entsprechend im IIS freischalten.
Völlig unverständlich ist, dass nach mehrmaligen installieren die Zertifikatsvorlgen dann plötzlich doch vorhanden waren. Da ich schon diverse CA installiert habe, wo es jedesmal problemlos funktionierte schliesse ich einen "Installationsfehler" aus.
