Woher das Zertifikat für den DRA (Wiederherstellungsagenten) stammt, ist egal, kann auch aus einer anderen Domäne sein, Hauptsache, du hast den private key dazu

Einen eigenen DRA für OUs zu machen, das geht per GPO, wenn man jeweils eigene Zertifikate dafür nimmt. Man sollte halt dafür sorgen, dass der private key dann in "vertraeunswürdigen" Händen ist, wo er nicht durch die ganze Abteilung wandert. Wenn du dieses Risiko befürchtest, dann besser einen zentralen DRA, was aber mehr Arbeit für dich bedeutet
grizzly999