Wenn die .exe tatsächlich auch nach einem Neustart noch unter Benutzung ist, solltest Du erstmal herausfinden durch welches Programm:
http://www.sysinternals.com/ntw2k/freeware/handle.shtml
Wenn es nicht benötigt wird, kannst Du es mit inuse loswerden.Beschreibung siehe website.
> inuse 123.exe 234_subst.txt