Also, hier ein Link, um die boot.ini zu verstehen:
http://www.tecchannel.de/betriebssysteme/802/1.html
So sieht eine "normale" aus:
[boot loader]
timeout=30
default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINNT
[operating systems]
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINNT="Windows 2000 Professional - Tuning Edition" /fastdetect /noguiboot
Bei Dir dürften da noch mehrere Einträge "multi....." drin stehen. Die Du nicht mehr haben willst, kannst Du rauslöschen. Sichere aber vorsichtshalber die boot.ini vorher.