Hi,
die einfachste Lösung ist, wenn Du (ein funktionierendes Win98 vorrausgesetzt, Stichwort MBR) Windows 2000 neu installierst. Du bekommst dann beim Setup eine Meldung, dass schon ein OS installiert ist. Dort wählst Du aus, dass du dieses gern behalten würdest und schon wird es in den Bootmanager von Win2000 aufgenommen. Anschließend kannst bei jedem Bootvorgang Win98 oder Win2000 auswählen.
Wenn Du dir die Neuinstallation sparen willst, wird es schon schwieriger. Es gibt im Internet Anleitung, wie du einen Eintrag (für Win98) in einen schon bestehenden Win2000 Bootmanager integriest, was allerdings auch nicht immer funktioniert.
Die dritte Variante ist zu einem "echten" Bootmanager zu greifen (jeweilige Anleitung beachten), ich kann dahingehend "XOSL" (Freeware) empfehlen.
http://www.tecchannel.de/software/485/32.html
Grüße