Hast Du bevor Du das W2k installiert hast auch nachgeschaut ob deine Komponenten die Du im Rechner verwendest auch n der HCL aufgeführt sind vielleicht sollte dir schon eine neue HCL weiterhelfen in der alle Komponenten deines Rechners unterstützt werden.
Wenn Du übrigens den kleinen Schönheitsfehler deiner Platte reparieren möchtest dann solltest Du dein 98er System einfach mit Ghost2002 auf CD oder im Netzwerk sichern (Festplattenimage) und dann mit Fdisk oder mit einem anderen Tool wie zB PartionMagic 7.0 (nicht kleiner wegen NTFS) sämtliche Partitionen löschen und danach neu erstellen.
Jetzt kannst Du Dein Festplatenimage wieder auf Platte zurückspielen (Zeitaufwand gesamt ca. 30min - 1h) kommt auf die Menge der zu sichernden Daten an.