Kann es sein das du vorher die Einstellungen für jede OU seperat schon gesetzt hattest und nur die Einträge gelöscht, also leer gemacht hast?
Wenn ja dann geht mal auf die Policy die du wahrscheinlich noch mit anderen Einstellungen in den einzelnen OU's hast, öffne Benutzerkonfiguration, Windows-Einstellungen, Internet Explorer-Wartung und mach einen rechten Mausklick. Wenn Browsereinstellungen zurücksetzen schwarz und nicht grau ist dann ist da noch was drinn auch wenn es sozusagen leer ist. Leer heist dann nicht leer sondern das er keine Ausnahmen nehmen soll. Setze die Browsereinstellungen zurück und schon sollte es gut sein.
Notfalls kannst du ja die übergenordnete Proxy Policy noch auf Erzwingen setzen so das alle untergeordneten Richtlinien ignoriert werden.
